WEBデザインを行う上で、WEBデザイナーとシステムエンジニアの役割は違います。
◆WEBデザイナーWEBデザイナーとは、WEBサイトのデザインをする人のことを言います。
この場合のデザインとは単なる画面のレイアウトや配色といった視覚的な側面だけではなく、WEBサイトを訪問するユーザーにとっての使いやすさや見やすさなどを考慮した、UI(ユーザインタフェース)にまで配慮した設計を行います。
具体的な作業内容としてはIllustratorやPhotoshopといったイラストソフトによる画像加工やパーツ作成等を行った上で、Dreamweaver等のホームページ作成ソフトで全体の画面デザインを行います。
場合によってはHTMLやCSSのコーディングも担当します。

◆システムエンジニアWEBデザインを行う上でのSE(システムエンジニア)の役割は、大きく「マークアップ」と「WEBプログラミング」に分けられます。
前者は、WEBデザイナーが作ったデザインをもとに、WEBページをHTMLやCSSで組み上げていくことをさします。
HTMLとCSSの書き方によって、更新のしやすさや、検索エンジンの表示順位(SEO)が変わってくるため、非常に重要な仕事と言えます。
またJavaScriptによる動的な処理なども担当します。
後者は、PHPなどのサーバーサイドプログラムや、WEBサーバーの構築、データベースの設計・構築など、より技術的な側面を指します。
したがって、幅広いスキルが求められます。
ショッピングサイトなどのセキュリティやサーバーサイドのシステム開発が重要になる案件ではなくてはならない仕事です。

ここで注意すべきなのは、企業によって上記の役割分担が必ずしも明確にされているわけではないということです。
両者に仕事内容にまたがって役割を担っている人もいれば、さらに細分化した役割を担っている場合もあります。
(WEBデザイナー→WEBディレクター/WEBデザイナー、システムエンジニア→コーダー/WEBプログラマ等)